Το Αρχαιολoγικό Μουσείο της Αίγινας βρίσκεται στον αρχαιολογικό χώρο της Κολώνας.
Ιδρύθηκε το 1829 από τον πρώτο κυβερνήτη του Ελληνικού Κράτους, Ιωάννη Καποδίστρια, και στις τρεις αίθουσές του διαθέτει σημαντικές συλλογές αρχαίων αντικειμένων.
Σημαντικότατη είναι η επιγραφή που αναφέρεται στον αρχαιότερο ναό της Αφαίας καθώς και η Καποδιστριακή συλλογή αναγλύφων (κυρίως από το νησί Ρήνεια) που αποτέλεσε το περιεχόμενο του πρώτου "Εθνικού Μουσείου" της Ελλάδος.